Program perkuliahan Agroteknologi di MTQ Isy Karima ini merupakan kerjasama dengan Universitas Islam Batik Surakarta (UNIBA). Program ini merupakan sebuah langkah mengsinkronkan program kaderisasi dakwah yang lembaga-lembaga keislaman untuk memunculkan para kader muda yang “melek” akan dunia pertanian modern.

Selain pendidikan keislaman dan tahfizh al-Quran yang akan diajarkan di MTQ Isy Karima, para mahasiswa prodi Agroteknologi akan mendapatkan pengetahuan secara teoritis maupun praktikal tentang ilmu dan teknologi yang berkaitan dengan tanaman. Mulai dari genetika, perbenihan, produksi tanaman, fisiologi, pemuliaan tanaman, dan banyak lagi. Selain itu, akan didapatkan pula ilmu tentang lahan dan media tanam. Seperti memahami kesuburan dan nutrisi tanaman, evaluasi lahan, pemupukan, dan mikrobiologi. Pada Jurusan Agroteknologi, akan didapatkan pula ilmu-ilmu pendukung seperti kewirausahaan, etika bisnis dan manajemen, juga bioteknologi.

Dengan kuliah di Prodi Agroteknologi UNIBA-Isy Karima ini, akan lahir para enterpreneur muda dalam bidang pertanian, serta para ahli pertanian modern yang siap untuk menganalisa dan membuat solusi atas permasalahan yang terjadi di lahan-lahan pertanian dan perkebunan, baik yang bersifat pribadi/ mandiri, juga lahan-lahan wakaf pesantren dan umat Islam secara umum.